Les recherches du HSGO sur le Soudan du Sud couvrent six domaines fondamentaux : le cadre juridique régissant la sécurité ; les accords de paix et leur mise en œuvre ; les communautés notamment les Dinka, Nuer, Shilluk, Azande, Latuka et Bari ; les institutions et acteurs non étatiques ; les contextes sécuritaires et régionaux internes et externes ; ainsi que les acteurs et institutions sécuritaires étatiques.